新中国成立后，城隍庙各殿开始整顿，正一派道士开始管理城隍庙，恢复了道教宫观的本来面目。

• 1949年，上海解放以后，除城隍庙大殿以外，各殿相继关闭，但各殿神像依旧保留。
• 1956年，上海市宗教局开展城隍庙整治工作，撤消了邑庙董事会和包殿制，关闭了玉清宫，文昌殿，并且缩减庙内人员。
  
• 1965年，为了开辟商场与安仁街的道路，后殿139.8平方米的房屋为花鸟商店所使用。
  
• 1966年4月，市宗教局，邑庙区宗教科，邑庙区府办公室宣布，停止上海城隍庙的宗教活动。“文化大革命”全面发动后，城隍庙内部遭到了毁灭性的破坏，神像全部被毁。1966年8月，红卫兵擅自将封存于两间房间内的宗教用品摆放到丽水路停车场烧毁殆尽。上海城隍庙大殿，中殿，楼上办公室，招待室共建筑面积922.1平方米，天井，走廊阳台等294.3平方米全部由上海市百货公司小商品批发部使用。星宿殿和十王殿作为南市区科技协会展览大厅，不久转为豫园商城使用。
  
• 1994年，在上海市各级领导的关心下，上海城隍庙落实宗教政策恢复开放，7月7日，上海市道教协会假座豫园商城绿波廊酒家举行新闻发布会，宣布成立以上海市道教协会会长陈莲笙道长为主任，苏宗赋道长，张文希道长为副主任，以古建筑专家陈从周，著名学者胡道静，笑星王汝刚，电影表演艺术家秦怡等二十三人为委员的上海城隍庙修复委员会，负责城隍庙的修缮事宜，并且随后成立上海城隍庙修复委员会办公室，负责城隍庙修复的日常工作。根据城隍庙的实际情况，决定边修复，边开放，遵循上海市文管会“文物修旧如旧”的原则，修复后的上海城隍庙力求保持明代道观的建筑风格。
  
• 1994年11月28日，豫园商城与上海城隍庙修复委员会于城隍庙内举行上海城隍庙使用权交接仪式。在此次使用权交接仪式上，归还了部分庙产的使用权，其中包括庙大殿、元辰殿、财神殿、慈航殿、城隍殿、娘娘殿和庙内天井，面积为1216.4平方米。
  
• 1995年1月26日，城隍秦裕伯塑像及城隍夫人储氏塑像进入上海城隍庙。
  
• 1995年1月31日，上海城隍庙正式对信徒开放。重新开放的上海城隍庙包括大殿、元辰殿、财神殿、慈航殿、城隍殿、娘娘殿，面积为1216.4平方米。
• 1995年2月2日，上海市市委副书记陈良宇来到开放不久的上海城隍庙，指导工作。
• 1995年8月9日，上海市副市长龚学平、市统战部副部长陶人观、市宗教局局长何全刚来城隍庙考察指导工作。

• 1995年8月14日–16日，为纪念反法西斯战争和抗日战争胜利五十周年，刚刚恢复开放的上海城隍庙演习了首场道教科仪活动：为期三天两夜的“祈祷国泰民安世界和平，暨追荐抗日战争殉难将士和罹难人民”的斋醮大会，表达的上海的道教徒期盼世界和平，远离战争的美好心愿。
• 1996年4月29日，鉴于上海城隍庙修复工作基本结束，决定成立以陈莲笙道长为主任，吉宏忠道长为副主任，刘巧林道长为委员，共三人组成的城隍庙管理委员会，同时撤消城隍庙修复委员会办公室。城隍庙管理委员会负责对城隍庙内日常事务进行管理。
• 2000年2月13-19日，（农历正月初九至十四）上海城隍庙自恢复开放以来，首次举行“拜太岁”仪式，为年值本命的信徒祈求神灵护佑。
• 2000年，上海城隍庙修复一期工程基本结束，并于同年11月14日举行住持升座仪式，上海市道教协会名誉会长陈莲笙道长成为自城隍庙恢复开放以来的第一任住持。
• 2001年农历正月初四夜11时至次日凌晨2时，上海城隍庙自恢复开放以来首次举行“迎财神”仪式。
• 2001年6月13日，上海市人大副主任刘伦贤带领上海市宗教、民族、侨办委员会的部分委员会负责人来庙视察，表示上海市各级领导对上海城隍庙开放工作十分关心，重视上海道教事业发展。

2002年3月7日，上海市副市长周禹鹏来庙视察，关心上海城隍庙的开放及建设工作。